Thất bại của quân Nhật trong trận đánh Saipan đã kéo theo sự sụp đổ của Thủ tướng Nhật Hideki Tojo. Ngay sau khi tin thất trận bay về Tokyo, Tojo rút lui với tư cách là đầu não của quân đội Nhật Bản. Ngày 18 tháng 7 năm 1944, Tojo cùng toàn bộ chính phủ từ chức.

Sau trận chiến, đảo Saipan trở thành một căn cứ quan trọng cho các chiến dịch khác trong quần đảo Mariana, và cuộc tấn công Philippines sau này (tháng 10/1944), quần đảo Ryukyu cũng như chính Nhật Bản.

Đại úy quân Nhật Sakeo Oba không chịu đầu hàng, ẩn trốn trong những ngọn núi cùng 46 binh lính khác, cho đến khi ông phải đầu hàng ngày 1 tháng 12 năm 1945.